灵魂树失去了行使魔力的法器,丧失了对Nibel森林的干涉和保护能力,三个生命元素的稳定状态被打破,Nibell森林丧失了生机。
由于Nibel森林开始枯萎,Naru被饿死,Ori再次成为孤儿,开始流浪。最后精疲力竭,即将死掉。
灵魂树用最后的魔力,复活了Ori。(至此,游戏正式开始)
Ori找回了Sein,他和Sein踏上冒险旅程,决心恢复三个生命元素,复活灵魂树。
森林生物Gumo出于某种目的偷走了水元素,Ori开始追他。Gumo作死把自己砸半死,Ori抢走水元素,顺便放了Gumo一命。
Ori相继恢复了水元素、风元素、火元素。
与此同时Gumo回到自己族人的神殿,取回了某个魔法物品,复活了Naru。
Naru一心想要再见到Ori,在Gumo的带领下外出寻找Ori。这时候森林开始着火。
Ori准备把Sein交还给灵魂树。这时候他被Kuro抓住了。
Naru恰好在最终一刻赶到,她抱起Ori,但却无法阻止Kuro,无法阻止Kuro,也无法阻止这场大火。
她的行为毫无理由,不计后果。
但是Kuro被这一幕感动了。她从复仇的狂热中惊醒,她想起自己还剩一枚蛋。
为了阻止大火,为了给她最后的蛋生存的机会,Kuro选择亲自将Sein交还给灵魂树。自己被灵魂树的光烧死了。
灵魂树复活了,Nibel森林也复活了。Naru带着Ori和Gumo继续快乐地生活。Kuro最后的蛋也在Naru的家里,小鸟即将破壳而出。