游戏从我们的主角——贝勒塞教团的打手凯恩从执行任务的睡梦中醒来开始。
黑暗骑士团长卓拉德命令刺杀格里普顿伯爵,刺杀完格里普顿伯爵后,费罗赛普妮要求凯恩通过秘密通道去黑暗教会找教主贝伦多,到黑暗教团可以学会融合配方合成,教主贝伦多要求凯恩去参加救援圣女的行动,费罗赛普妮给了凯恩一套制服,卓拉德给了一个佣兵,拿着贝伦多的推荐书就去找哈怒恩丛林的莱曼报到。
在哈怒恩丛林寻回可以开启传送门的魔法师格鲁曼,跟随莱曼一同传送到艾伦尼城,开始救援圣女,没想到敌军太强,凯恩只好偷偷孤身潜入营救,却发现圣女是自愿逃离,忠心的凯恩打晕圣女带出艾伦尼城,走到传送门处却发现传送门被忠心守护圣女的骑士破坏,两人单挑,势均力敌。
凯恩用威胁的手段裹挟圣女逃走,去寻找备用的传送门回家,圣女趁凯恩没注意弄晕了凯恩逃走,凯恩醒来后顺着足迹追寻,发现圣女被哥布林抓住,于是进入洞穴搜救,可是洞口被关闭,凯恩只好从另外的密道进入,不过需要通过蜘蛛女王的地盘,拿了解毒剂,干脆利落地把蜘蛛女王击杀,找到了哥布林监狱最深处,击杀哥布林队长后救出圣女尤希娅。
救出尤希娅后,通过凯恩的劝说,圣女最终同意跟随凯恩回到帝国阻止战争,同时凯恩表明了自己反战派的身份,一起前往卡姆兰村的传送门。等到凯恩和尤希娅赶到传送门前时却发现莱曼带领的圣女救援部队已经被基尔格恩两人全部击杀,莱曼指引他们去寻找尼罗妮蒂魔法师修复传送门,凯恩偷偷发现尼罗妮蒂就是费罗赛普妮,为了修复传送门,凯恩去寻找魔法石,通过艰苦的战斗获得了石头,顺便解救出了沃特所带领的狼人一族。
两人跟随尼罗妮蒂去修复传送门发现艾伦尼的追兵已经守在了传送门附近,于是尼罗妮蒂要求凯恩去点燃荒野东部的军用仓库,吸引守军的注意力,从而获得逃离的机会,通过传送门后却遇到了卡娜,艰难战胜卡娜,两人被尼罗妮蒂传送到了教团神殿。
凯恩和圣女尤希娅在神殿救起了一个叫沃尔达克的兽人,跟随他去往钢之兽人部落,到了部落发现部落长老被绑架了,于是乎苦命的主角继续去拯救兽人部落长老,经过调查,了解到部落长老被囚禁在悲鸣之要塞,于是借道霍尔干峡谷,联合怪人,击杀石魔,利用兽人的化妆伪装技术偷偷潜入了悲鸣之要塞,救出部落长老,同时发现兹赫库鲁夏准备做法毁灭兽人部落,凯恩只好又与它进行激战。
打败之后才知道原来打败的只是兹赫库鲁夏的弟弟替身,凯恩囧了!长老为了报答凯恩的救命之恩解开了被封印的入口,凯恩和圣女为了回到帝都,硬着头皮进入了被污染的神殿,被变异的修道院院长围攻,果断击杀,之后过海关的时候又不敢进,只好进入潘德利村找熟人准备进行偷渡,却没想到这个熟人贝恩是个两面讨好的家伙,被贝恩给耍了,圣女被抓了。
收服盗贼团帮忙救出圣女后,俩人就开始偷渡,却悲催地掉入了古代地下城,不明不白被困三日,好不容易逃出来,进入了海哥特草原,回到了帝国首都。
回到帝国首都后,圣女被教皇软禁,凯恩觉得自己似乎做错了什么,接受了教皇的封赏,帮助魔法师卡茵救出了训练场的士兵,在这中间,发现雷顿的行迹十分可疑,进一步调查发现博鲁扎男爵才是真正的叛徒,凯恩找到博鲁扎,杀死了他,却没有找到什么有用的证据,这个时候教皇挟持圣女发表演说,要求圣女发动战争,圣女当众揭露了教皇的阴谋,教皇下令追杀和卡娜鑫迪一起逃跑的圣女,命令凯恩立即出发进行追击。随着凯恩越追越近,凯恩心理越来越矛盾,最终凯恩下定决心保护圣女,反过来拦截追击队伍,协助圣女逃跑。
凯恩在拦截追击队伍的时候身负重伤,灵魂飘荡,艰难返回肉体后,继续了追寻圣女的旅程。一直追寻到罗尼恩村,发现圣女正在照料受伤的鑫迪,要求凯恩帮鑫迪去抓药(喂喂,人家凯恩也是身受重伤的好伐?!),好不容易抓来药治疗好鑫迪之后,马上就一起前往瑟林湖去跟卡娜一伙会合。
经过永恒之森的时候帮森林精灵几个小忙,获取3个结界石后离开被困住的森林,圣女却突然晕倒,凯恩前往雪之精灵部落寻求救治圣女的方法。还未赶到雪之精灵部落,帝国的追兵已经到了,凯恩斗智斗勇,全歼了这支部队,在小精灵艾丽恩的帮助下来到了雪之精灵部落。部落的医生诊断出圣女体内有魔力虫,凯恩又充当了采药工的角色,帮圣女去采药,途中遇到了艾诺3中的老熟人——鲤鱼仙人,在鲤鱼仙人的帮助下击败了牛头怪,最终得到了净化之泉,圣女尤希娅虽然醒转,但是还是忧心忡忡,十分不安。
想要彻底治疗尤希娅体内的魔力虫,就必须要到古代精灵神殿才可以,尤希娅的身体越来越差,凯恩带着她迅速地向古代精灵神殿赶去。在去神殿的路上发现了奇怪的被封印的村庄,要破除村庄封印必须找到封印石,经过辗转调查,发现村长艾尔凡才是幕后真正让村庄陷入封印的元凶,经过激战,击败艾尔凡,艾尔凡说出了真正原因,如果封印被解开,村庄的所有被时间定住的人全部会消失,圣女陷入纠结的境地,最后依靠艾尔凡妻子的项链感化了艾尔凡,进入到了最后的封印之地,击杀了守护石魔,进入到了古代精灵神殿。通过艾尔凡得知追兵已经先一步进入了神殿,但是为了治疗尤希娅,凯恩还是硬着头皮往神殿深处走去。
镇压精灵神殿的精灵大长老被凯恩击败后灵魂开始消散,神殿开始不稳定坍塌,凯恩于是又收集碎片帮助稳定神殿,同时发现多巴洛克在收集巨龙的力量,妄图想要统治世界,凯恩和圣女联手击败了多巴洛克,阻止了他的野心,但是圣女因为使用了神圣力量又开始虚弱晕倒消失,凯恩也昏迷过去……
醒来后是一个退役骑士救了凯恩,凯恩忘记了一些东西,决定再次返回神殿进行寻找,一路上黑暗教团的高层不断来阻拦凯恩,被凯恩一一击败,最终,凯恩遇到了最为强大的对手——自身的镜像,击败自身镜像后,出现了自身黑暗力量的黑暗神,经过艰苦卓绝的战斗,凯恩击败了黑暗神,找到了圣女,一起离开神殿。
却在路途中遇到了黑暗主角贝伦多等人,告诉凯恩一切都是一个阴谋,凯恩是黑暗神的一个细胞复制出来的容器,他们只是为了黑暗神的再次降临统治世界做的一个计划而已,凯萨尔也出现了,凯萨尔同样是黑暗神的细胞复制出来的兄弟,教团高层费罗赛普妮是凯萨尔的爱人,凯萨尔抢夺了黑暗神的力量,要凯恩跟他一起去复仇,凯恩为了圣女愤怒了,于是凯萨尔将凯恩和圣女全部传送到了未知的区域,凯恩和圣女最终能在一起吗?凯恩能终结这不断重复的命运吗……
(全剧终)