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从城都地区的风雪城出发,开始主角一样要从初学者用的三只口袋妖怪中选一只做口袋妖怪大师旅行,并一路冒险、收集八个道馆徽章,途中还有一些由‘火箭队残党’引发的事件等玩家解决。 本作口袋妖怪的数目增至411只(包含梦幻和雪拉比),主角必须赢得八个道馆的徽章,取得挑战四天王和最后冠军的资格。此外增加了时间功能,分成早上、午间与晚上三种,捕获率也会受此影响。也有星期制度,到了特定的日子就会有某些特定事件等的玩家触发,例如在特定的星期几、于特定地点出现的星期兄弟姐妹、特定星期出现的神奇宝贝等,可透过手表的功能,来收听广播,或当电话使用。