上篇说到了巴兹、雷娜、法斯拉、可露儿打败了艾克斯迪司回到了现世界。但艾克斯迪司并没有真正灭亡,而水晶也碎了,接下来会发生什么事情呢?我们再次进入冒险旅程。
众人醒来后,发现已经回到了现世界。首先进入泰空城,此时受到大臣很隆重的欢迎。大臣认出了法斯拉,并帮她换上漂亮的衣服,巴兹看见了立刻就脸红了(原来他喜欢姐姐?)。宴会开始后,众人开始跳舞,那帮跳舞的人会挡住去路,所以巴兹无论如何也走不到雷娜和法斯拉的身边。从下边的阳台出去,和可露儿谈话,两人决定出去调查如何回到异世界。在城门口撞上到一个情报士兵,他告诉主角西方的海川有了桥便可以通过。巴兹突然想起受伤的陆路行鸟波可,或许它还在西边的海贼洞穴里。
然后一下往左下绕,原来这里是吉多祠堂,这个岛不是已经深入海底了吗,怎么会出现在这里?不管先进去看看,进入里面发现吉多四角朝天仰着,它告诉大家世界之所以变成现在这个样子,是因为两个世界原本就是一个世界。了解了前因后果后,突然可露儿晕倒,艾克斯迪司突然出现,接着泰空城上次出现了一个次元夹缝。而此时众人受到艾克斯迪司的攻击,被弹飞祠堂。
众人发现被弹到了古代图书馆前, 吉多得知这居然是古代图书馆,不禁喜笑颜开,因为打倒艾克斯迪司的书就在里边沉睡着。吉多命学者们将两本分开了的封印之书合在一块,告知巴兹书会指引前进的道路。得到封印之书,然后照着书的指引,众人金字塔出发。出发前可以到图书馆上层与右边的学者对话学会“魔力之歌”,并可以拿到最右边的书。
众人坐上船,发生剧情。艾克斯迪司正在操纵“无”的力量,这样导致众多的地方被次元夹缝吞没。回到封印之城库扎,跟门前右边的学者对话,会有一个回复瓶。之后一直往里走发现石台,把得到的石板放上去就可以解封3件神器,之后如果取得其它的石板也可以来解封神器。
接着来到孤岛神殿,打败守卫后就可以进入。里面的BOSS同样不能使用全体魔法进行攻击,第二石板的封印解除后,究极的魔法也能够使用了。其封印在新月岛上,进入两岐塔,里面要同时取得魔法,右边是力之塔,里面不能使用魔法,左边是魔之塔,物理攻击是不能选择的,拿完魔法后新月基地便会出现在地图上。
骑上黑陆行鸟来到世界地图右上角的沙漠,这里有一片小树林,是唯一可来这里的交通工具黑陆行鸟的着陆点。在东北的北山。在最后的地方遇到巴哈姆特,打赢它便可获得作为召唤兽的它,记得让自己状态以应付巴哈姆特强力的魔法。之后来到西南角塔里。
这个塔非常高,所以层数也非常多,但是每个迷宫却很小,在后作FF VI的狂信者之塔和FF VII的神罗大楼以及FF VIII的沙漠监狱也延续了这种布局。塔的迷宫只迷在一点:那就是基本上每一层都只能看到入口和墙壁,往上的通路被隐藏起来,需要在墙上调查。一般墙壁上有两处可以调查的地方,一个是正路,另一个是敌人,所以就要你碰运气选了...
入隐藏楼梯前必须和怪物作战。上到30层会发现飞龙,它为了帮助蕾娜尽了最后的力量,此时它也已知道自己命不久矣,纵身跳下塔去。……