戰鬥的基本動作分為近戰、投擲手裡劍、衝刺、跳躍、遁術、防禦、發動查克拉等等。在《火影忍者疾風傳:終極風暴3》中,利用敵人攻擊的空檔使出遁術,瞬移到敵人背後再利用近戰連段攻擊,可以說是基礎中的基礎。手裡劍比較偏向牽制作用,而無腦直接衝到敵人面前只會被痛扁而已。發動查克拉之後,玩家就可以使用忍術與奧義,不過要注意查克拉持續時間是有限的,也不是免錢放到爽,更何況忍術與奧義若是沒有命中敵人,會造成自身極大的破綻。雖然說這樣的戰鬥系統看起來有點不那麼直覺,但熟悉之後的確非常爽快。欣賞《火影忍者疾風傳:終極風暴3》忍術與奧義的演出,絕對是令人滿足的遊戲體驗。